馬凱說，國務院將實行鐵路政企分開，完善綜合交通運輸體系。近些年，鐵路實現了跨越式發展，保障了國民經濟平穩運行和人民生產生活需要，但也存在政企不分、與其他交通運輸方式銜接不暢等問題。為推動鐵路建設和運營健康可持續發展，保障鐵路運營秩序和安全，充分發揮各種交通運輸方式的整體優勢和組合效率，有必要實行鐵路政企分開，加快推進綜合交通運輸體系建設。
《方案》提出，將鐵道部擬訂鐵路發展規劃和政策的行政職責劃入交通運輸部。交通運輸部統籌規劃鐵路、公路、水路、民航發展，加快推進綜合交通運輸體系建設。組建國家鐵路局，由交通運輸部管理，承擔鐵道部的其他行政職責，負責擬訂鐵路技術標準，監督管理鐵路安全生產、運輸服務質量和鐵路工程質量等。組建中國鐵路總公司，承擔鐵道部的企業職責，負責鐵路運輸統一調度指揮，經營鐵路客貨運輸業務，承擔專運、特運任務，負責鐵路建設，承擔鐵路安全生產主體責任等。不再保留鐵道部。
考慮到鐵路仍處于建設發展重要時期，同時承擔很多公益性任務，《方案》提出，國家繼續支持鐵路建設發展，加快推進鐵路投融資體制改革和運價改革，建立健全規范的公益性線路和運輸補貼機制。同時，繼續深化鐵路企業改革，建立現代企業制度。
改革后，中國鐵路總公司統一調度指揮鐵路運輸，實行全路集中統一管理，確保鐵路運營秩序和安全，確保重要運輸任務完成，不斷提高管理水平，為人民群眾提供安全、便捷、優質服務。
